В глубоком будущем, когда человечество освоило космос и научилось трансформировать человеческие тела в механические, живет обычный парень по имени Тэцуро. У него есть мечта — обрести бессмертие, заменив свое тело на роботизированное. Чтобы осуществить свою мечту, Тэцуро должен отправиться на легендарную Бессмертную Планету, и для этого ему предстоит путешествие на космическом корабле «Галактический экспресс 999».
Во время своего долгого и опасного путешествия Тэцуро встречает Мэйтел, таинственную и загадочную блондинку, облаченную в элегантный русский стиль. Мэйтел становится его верной спутницей и наставницей, помогая ему не только в физических испытаниях, но и в понимании сложных моральных и этических аспектов, связанных с трансформацией человеческого тела в механическое. Вместе они посещают множество планет, каждая из которых открывает новые грани этого смелого нового мира.
Каждая остановка на пути к Бессмертной Планете преподносит Тэцуро и Мэйтел новые уроки и испытания. Они сталкиваются с различными культурами, технологиями и существами, каждое из которых влияет на их восприятие мира и самих себя. Тэцуро постепенно растет и меняется, становясь не только мудрее, но и сильнее духовно. Его путешествие превращается в грандиозное приключение, которое затрагивает самые глубинные слои человеческой сущности и ставит под сомнение многие привычные представления о жизни и смерти.