В далеком прошлом, англиканская церковь, стремясь защитить Британское государство и его королеву от угроз вампиров и мистических существ, учредила организацию «Хеллсинг». Эта организация, возглавляемая Королевским орденом протестантских рыцарей, сегодня находится под управлением Интегры Хеллсинг. Она располагает не только специальными подразделениями солдат, но и одним из самых могущественных вампиров — Алукардом, который был побежден предками Интегры и дал клятву служить семье Хеллсинг.
Помимо выполнения основных задач, связанных с защитой страны, Интегра постоянно противостоит атакам старых врагов «Хеллсинга» — 13-го сектора Ватикана и его последователей. В это же время на улицах городов начинают появляться новые виды вампиров, созданные с помощью специальных микрочипов. Эти новые силы, по всей видимости, имеют своей целью Англию, организацию «Хеллсинг» и самого Алукарда.
С увеличением числа атак нежити, Интегра узнает о существовании фашистской группировки «Миллениум», которая стремится возродить Третий рейх, используя армию вампиров. Это приводит к началу войны между тремя организациями на улицах Лондона. «Миллениум» объявляет своей главной целью победу над Алукардом и одновременный захват контроля над Англией, продолжая конфликт, который начался еще во времена Второй мировой войны.