В далеком прошлом, англиканская церковь, стремясь защитить Великобританию и ее королеву от угрозы вампиров и сверхъестественных существ, учредила организацию «Хеллсинг», возглавляемую Королевским орденом протестантских рыцарей. Нынешний глава этой организации, Интегра Хеллсинг, обладает не только отрядами специальных солдат, но и одним из самых могущественных вампиров — Алукардом, который был побежден предками Интегры и дал клятву служить семье Хеллсинг.
Помимо выполнения основных задач, связанных с уничтожением вампиров и других мистических угроз, Интегра постоянно противостоит атакам старых врагов «Хеллсинга» — 13-го сектора Ватикана и его последователей. В это же время на улицах городов появляются новые виды вампиров, созданные с помощью специальных микрочипов, что указывает на новую, неизвестную доселе силу, которая, вероятно, имеет свои цели относительно Англии, «Хеллсинга» и Алукарда.
С увеличением частоты атак нежити, Интегра узнает о существовании фашистской группировки «Миллениум», стремящейся возродить Третий рейх и создать армию вампиров. Это приводит к началу войны между тремя организациями на улицах Лондона. «Миллениум» объявляет своей главной целью победу над Алукардом и захват контроля над Англией, продолжая конфликт, который начался еще во времена Второй мировой войны.