В этом аниме-сериале, являющемся альтернативным продолжением к [anime=356]предыдущей адаптации 2006 года[/anime], рассказывается о новом повороте сюжета, взятого из оригинальной визуальной новеллы. Главный герой, ученик старшей школы Сиро Эмия, неожиданно оказывается втянутым в древнюю войну за Святой Грааль, которая разворачивается в современном японском городе Фуюки. Этот мистический конфликт, происходящий раз в 60 лет, объединяет семерых магов, каждый из которых стремится завладеть легендарным артефактом, способным исполнить любое желание.
Каждый из участников войны обладает уникальной способностью призывать героя из прошлого или будущего, известного как слуга, который сражается на его стороне. Эти слуги, обладающие своими уникальными способностями и характерами, представляют собой великих воинов, волшебников и даже королей, чьи духи возвращаются в наш мир для участия в этой смертельной битве. Сиро Эмия, несмотря на свою неохоту, призывает на свою сторону Сэйбер — одного из самых могущественных и преданных слуг, которая преследует свою цель доступа к Граалю любой ценой.
В процессе сюжета Эмия становится союзником Рин Тосака, молодой и талантливой ученицы той же школы, которая также участвует в войне за Грааль. Рин, обладающая собственным слугой, постепенно сближается с Эмией, и их отношения становятся все более сложными и глубокими. Однако правила войны не щадят никого, и в конечном итоге Эмия и Рин вынуждены будут встретиться лицом к лицу в финальной битве, где только один из них сможет остаться стоять. Этот конфликт ставит перед главным героем непростой выбор между своими личными желаниями и долгом перед теми, кого он любит.