Во втором сезоне аниме продолжаются приключения, начавшиеся во второй видеоигре, с упором на затерянный континент Му. Эта древняя цивилизация исчезла много веков назад, оставляя после себя лишь следы в виде мифов и легенд о таинственных существах, известных как UMAs (неидентифицированные формы жизни). Эти UMAs начинают сливаться с людьми, стремясь найти мощные артефакты Му, так называемые оопарты, которые даруют им силу воскресить забытый мир.
После столкновения с рядом необычных противников, Субару и Вар-Рок встречают профессора Орихимэ, который посылает их в опасное путешествие по поиску оопартов. Цель их миссии — остановить UMAs и предотвратить возрождение континента Му. В ходе своей борьбы, Рокмен, используя найденные оопарты, способен трансформироваться в новые формы, такие как Громовой Бerserk, Огненный Динозавр и Зеленый Шинobi, что значительно усиливает его возможности в битвах.
Каждая новая форма Рокмена не только меняет его внешность, но и предоставляет уникальные способности, соответствующие стихии оопарта. Эти трансформации становятся ключом к решению многих загадок и преодолению препятствий, стоящих на пути к спасению мира от возрождения древней угрозы. Таким образом, сюжет второго сезона обогащается элементами приключенческого боевика, полного тайн, сражений и открытий, что делает его увлекательным для зрителей всех возрастов.