В глубинах космоса, где человечество столкнулось с невиданной доселе угрозой — инопланетными Зентреди, зародилась новая эра колонизации и борьбы за выживание. Флот под названием «Макрос Фронтир» стал символом надежды на будущее. В этом флоте жизнь старшеклассника Саотомэ Альто кардинально изменилась, когда во время концерта популярной поп-идолы Шерил Ноум флот подвергся внезапной атаке неизвестных существ.
В хаосе битвы Альто, чтобы защитить встретившуюся ему девушку Ранку Ли, был вынужден занять место пилота в новейшем боевом юните. Его неожиданные и героические действия привлекли внимание частной военной компании «S.M.S. Skull Squadron», которая предложила ему место в своих рядах. Так началась его новая жизнь, где каждый день был посвящен защите своих друзей и всего флота «Макросс Фронтир».
Альто, теперь уже опытный пилот, продолжал сражаться, становясь все более важной частью команды. Его путешествие было не только о борьбе с внешними угрозами, но и о внутренних переживаниях и росте как личности. Вместе с Ранкой Ли и Шерил Ноум, он находил силы и ответы, которые помогали не только ему, но и всему человечеству двигаться вперед, навстречу неизвестному и опасному будущему.