После разрушительных последствий Третьей мировой войны, Токио превратился в огромную заражённую зону, известную как «Чёрное Пятно». Эта территория была огорожена и отрезана от внешнего мира, но со временем на этой обветшалой земле начали проявляться новые формы жизни. Среди оставшихся в «Чёрном Пятне» людей стали появляться те, кто обладал невероятными способностями — управлять огнём, воздухом и даже гравитацией. Эти особенные люди, вызывавшие страх и недоверие, были прозваны Изгоями.
Действие аниме разворачивается в 2130 году, примерно через пятьдесят лет после глобального конфликта. Фармацевтическая корпорация Симеон, набирающая силу и влияние, строит свою штаб-квартиру в самом сердце «Чёрного Пятна». Несмотря на благотворительную деятельность, Симеон тайно проводит жестокие эксперименты над людьми, разрабатывает эликсиры молодости для богатых клиентов и начинает систематическую охоту на Изгоев, уничтожая всех, кто осмеливается противостоять им.
Чтобы положить конец тирании Симеона, группа Сопротивления, насчитывающая четыреста человек, планирует убийство лидера корпорации, Адама Арклайта. Однако их план терпит крах, и все участники операции погибают от рук Изгоев из Элитной Четвёрки Симеона. Единственный выживший, Круз Шильд, находит себе союзников в лице двух могущественных Изгоев — Адама Блейда и Евы Нойшванштайн, а также их друга, профессора Гидо. Вместе они намерены разрушить Симеон и освободить «Чёрное Пятно» от его безжалостной власти.