В городе Академия-Сити, где технологии и магия сплетаются в сложном тандеме, главный герой Тому считается учеником уникальной академии. Его правая рука обладает необычайной способностью — разрушать любое магическое воздействие. Касание Томиной руки к магии немедленно её рассеивает, что делает его ключевой фигурой в мире, где магия и наука часто сталкиваются.
Однажды, в один из дней, когда Тому появился на балконе, он столкнулся с девушкой, одетой в одежду монахини. Это была Индекс, монашка из секретного магического отделения, поддерживаемого английской церковью. В её уме хранились запретные книги, что делало её мишенью для многих. Встреча с Индекс активировала способности Томиной руки, что привело к началу конфликта между магическими силами и технологическими экспертами.
С этого момента мир Академия-Сити погрузился в хаос. Маги и эксперты начали борьбу за власть и знания, а Тому и Индекс оказались в самом её центре. Неразбериха и конфликты стали частью их повседневной жизни, и никто не мог предсказать, кто станет победителем в этой схватке. Для того чтобы узнать, как все завершится, необходимо досмотреть аниме до конца, чтобы увидеть, как складываются судьбы главных героев и всего мира Академия-Сити.