Действие аниме происходит в мире, где главная героиня, известная как Ноль Два, и другие персонажи имеют специальные коды вместо имен. Ноль Два страдает от потери памяти, и единственное, что она помнит, это свое заточение. В ее воспоминаниях мелькают образы женщины, которая была похожа на мать, и книги с картинками, которые она подарила. Эти картинки оказываются ключом к прошлому Ноль Два, раскрывая, что она была частью секретных экспериментов в лаборатории, названной «Сад».
В «Саду» Ноль Два встречает Хиро, мальчика с кодом Ноль Шестнадцать. Вместе они планируют побег, но их ловят и лишают памяти. Годы спустя Ноль Два начинает вспоминать свое прошлое и чувства к Хиро. Она решает найти его, несмотря на все трудности, и восстановить их забытые отношения. Это путешествие становится для нее испытанием, заставляя пережить множество эмоций и переосмыслить свою идентичность.
Аниме «Ноль Два» погружает зрителей в мир тайн и воспоминаний, где каждый персонаж связан своими кодами и прошлыми экспериментами. Сюжет развивается через сложные взаимоотношения между Ноль Два и Хиро, а также их попытки понять свое место в мире, который их превратил в подопытных кроликов. Это история о поиске себя и восстановлении утраченных связей, заставляющая зрителей задуматься о ценности памяти и любви.