В январе 2118 года, Аканэ Цунэмори, главный инспектор Бюро общественной безопасности, получает срочное сообщение о происшествии на зарубежном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, они спешат на место событий. Однако, неожиданно для них, расследование передается Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. Это событие становится началом сложного и запутанного дела, которое затрагивает многие сферы и органы власти.
На судне обнаружена мертвой доктор Милиция Стронская, приглашенная Ацуси на встречу. За ее убийством стоит организация "Нарушителей мира", которую Исполнительный отдел преследует уже давно. Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что целью "Нарушителей" было исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской". Для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований создается специальная команда, в которую входит и бывший беглец из Бюро общественной безопасности, Шинью Когами. Вместе с Дзёдзи Сайги, последним, кто видел доктора Стронскую, команда отправляется в Дэдзиму для получения важного документа.
Аканэ и Когами оказываются в центре крупного дела, связанного с "Документом Стронской". Этот документ, содержащий скрытую правду, способна потрясти не только японское правительство, но и саму систему "Сибилла". Это история, которая становится связующим звеном между двумя другими аниме серии "Психопаспорт". В процессе расследования герои сталкиваются с множеством сложностей и опасностей, но их цель — раскрыть правду, несмотря ни на что. Этот сюжет становится одним из самых драматичных и напряженных в серии, заставляя зрителей переживать за героев и их судьбу.