В центре сюжета аниме "Три сердца на острове" находятся трое друзей детства: Ран Акаги, Сюта Аоя и Кока Суйдо. Несмотря на то, что они принадлежат к разным социальным слоям и имеют совершенно разные характеры и интересы, их дружба крепка и непоколебима. Все трое выросли на искусственном острове, известном как 24-й округ Токио, расположенном в Токийском заливе. Этот остров, созданный человеческой рукой, стал для них местом, где они проводили каждый день, наслаждаясь красотой залива и обсуждая свои мечты и планы на будущее.
Однажды, во время одной из их обычных прогулок, на телефоны всех троих одновременно поступает загадочный звонок. Голос, который они слышат, принадлежит их давно погибшему другу. Это событие ставит их перед шокирующей реальностью: они должны сделать выбор, который повлияет на судьбу не только их, но и всего острова. Выбор, который может изменить их жизнь навсегда, и они должны быть очень осторожны, чтобы не навлечь на себя и своих близких несчастья.
Таинственный звонок становится началом серии событий, которые заставляют друзей задуматься о смысле их дружбы и о том, насколько они готовы пожертвовать ради сохранения своего дома и тех, кого они любят. В процессе их пути они сталкиваются с множеством испытаний, которые проверяют не только их физические силы, но и их душевные качества. Этот выбор становится для них испытанием, которое может либо укрепить их связь, либо навсегда разделить их.