История начинается с Икаруги, юноши, оставшегося сиротой после трагической смерти своих родителей и бабушки. В наследство ему достаётся лишь старый корабль и подводная лодка, что ставит его перед необходимостью самостоятельно заботиться о своём существовании в жестоком мире. Однажды он встречает девушку, стремящуюся найти наследство своей бабушки, которое, согласно карте и координатам, может быть спрятано где-то в океане.
Совместными усилиями они отправляются на поиски этого таинственного сокровища. Однако, вместо ожидаемых золотых слитков или драгоценностей, они обнаруживают старинный гроб, который, по всей видимости, пролежал на морском дне сотни лет. Решив рискнуть, они вскрывают его и находят внутри девушку, которая больше напоминает робота, чем живое существо. Это знакомство становится началом удивительных приключений.
Новая знакомая, назвавшая себя Атри, не помнит ничего о своём прошлом и нуждается в помощи, чтобы восстановить память. Икаруга и его спутница берутся за это непростое дело, и их жизнь превращается в серию захватывающих событий и открытий. Вместе они будут исследовать глубины океана, сталкиваться с неизвестными опасностями и постепенно раскрывать тайны, которые скрывает их новая подруга-робот.