Действие аниме разворачивается вокруг Нанохи Такамачи, девятилетней школьницы, чья жизнь обычна и мирна, пока она не спасает раненого говорящего хорька. Этот хорёк, оказывается, маг по имени Юно Скрая, который прибыл из параллельной вселенной на поиски опасных артефактов под названием "Драгоценные Семена". Эти семена обладают способностью наделять живые существа сверхъестественными силами, часто превращая их в монстров. Юно, раненый в схватке с одним из таких монстров, вынужден принять помощь Нанохи, которая временно укрывает его в своём доме.
В процессе выздоровления Юно дарит Нанохе "Интеллектуальное Устройство" — волшебную палочку "Raising Heart". Неожиданно для всех, Наноха демонстрирует необычайные магические способности, которые позволяют ей эффективно использовать палочку. Таким образом, девочка и маг начинают своё совместное приключение по уничтожению монстров и сбору Драгоценных Семян. Их миссия усложняется тем, что они не одиноки в своей охоте: другие искатели также стремятся завладеть этими могущественными артефактами, что делает их задачу ещё более опасной и сложной.
В ходе своего путешествия Наноха и Юно сталкиваются с различными противниками и препятствиями, которые проверяют их силы и веру друг в друга. По мере того как Наноха учится лучше контролировать свои магические способности, она также развивает глубокую дружбу с Юно, чьё прошлое и мотивы постепенно раскрываются. Вместе они учатся, что сила дружбы и взаимного доверия могут быть не менее важными, чем магические артефакты, которые они ищут. Это путешествие становится не только борьбой за уничтожение опасных существ и собирание семян, но и личностным ростом для обеих главных героев.