2013 год, и вот он — идеальный город, зона №6. В этом мире, где каждый ребенок проходит тестирование на интеллект, маленькому Сиону [紫苑] уже в двухлетнем возрасте был присвоен статус обладателя «высокого уровня интеллекта». Это позволило ему жить в роскошном районе Кронос, где только лучшие и самые умные могут наслаждаться жизнью. Однако, в день своего двенадцатилетия, Сион сталкивается с Нэзуми [ネズミ], красивым парнем, который сбежал из исправительной колонии. Эта встреча кардинально изменит жизнь Сиона и приведет к потере всех его привилегий.
Укрыв Нэзуми, Сион не предполагал, что это решение будет столь разрушительным. Бюро общественной безопасности, узнав о его поступке, лишает его всех прав и изгоняет из Кроноса в «Потерянный город». Этот переход от роскоши к нищете становится для Сиона тяжелым испытанием, но также и началом новой жизни, полностью отличной от той, к которой он привык. Четыре года спустя, Сион, уже ставший сильнее и мудрее, сталкивается с таинственным происшествием, которое затягивает его в глубокие тайны шестой зоны.
В «Потерянном городе» Сион узнает о существовании тайн, которые скрываются за идеальным обликом зоны №6. Эти тайны связаны с прошлым Нэзуми и тем, что произошло в исправительной колонии. Сион начинает понимать, что его встреча с Нэзуми была не случайной, а частью большого плана, который постепенно раскрывается перед его глазами. В этом новом мире, полностью отличном от Кроноса, Сион и Нэзуми объединяют усилия, чтобы раскрыть правду и изменить судьбу не только своих жизней, но и всей зоны №6.