В далеком будущем, после того как человечество покинуло разрушенную и отравленную Землю, отправившись в глубины космоса, оно столкнулось с неизвестными препятствиями и было вынуждено вернуться на родную планету. Земля, однако, изменилась: большая её часть стала непригодной для жизни, за исключением территории Японии. Чтобы разместить всех жителей, вокруг Японии были созданы специальные зоны, а сама страна превратилась в своеобразный оазис на пустынной планете.
В попытке восстановить человечество и найти способ вернуться в космос, была начата масштабная реконструкция истории, основанная на священном тексте под названием "Завет". Однако в 1431 году эпохи реконструкции произошло восстание населения этих зон, которое привело к захвату Японии и её разделению на феодальные владения. Коренное население было вытеснено, а сама Япония стала центром нового мирового порядка.
Сейчас, в 1648 году новой эры, беженцы продолжают жить в движущемся городе-корабле, который перемещается над континентом, ставшим их новым домом. Под наблюдением Союза реконструкции, который пытается предотвратить грядущий апокалипсис и войну, жизнь продолжается. В это время Тори Аой, лидер академии Высшей Федерации и президент студенческого совета, возглавляет своих сокурсников в борьбе за возвращение к исторической родине и восстановлению былого величия человечества.