После завершения турнира «Священный Путь», Тэнма Мацувадзэ возвращается в среднюю школу Раймон, но обнаруживает, что мир вокруг него кардинально изменился. Его друзья больше не играют в футбол, а школа, которую он знал, преобразилась до неузнаваемости. В этом новом мире Тэнма сталкивается с Альфой, лидером команды «Протокол Омега», который является участником секретной программы по ликвидации футбола в будущем.
Альфа раскрывает Тэнме тайну своей миссии и предлагает ему присоединиться к своей команде. Тэнма, однако, решает противостоять планам Альфы и восстановить футбол в своем мире. Для этого он получает уникальную возможность — использовать модернизированный фургон команды из предыдущей части аниме, который теперь превратился в летающую машину времени, способную перемещаться между различными реальностями.
В своем путешествии через время и пространство, Тэнма находит союзников и противников, каждый из которых вносит свой вклад в его миссию. Он сталкивается с новыми и старыми врагами, а также с неожиданными союзниками, которые помогают ему в его стремлении вернуть футбол в мир. В конечном итоге, Тэнма должен решить, какой мир он хочет оставить для будущих поколений — мир без футбола или мир, где футбол является неотъемлемой частью жизни каждого человека.