Действия аниме разворачиваются через 12 тысяч лет после завершения событий первого сезона «Аквариона». В этом новом эпизоде появляются свежие лица, модернизированный Акварион и совершенно новая сюжетная линия, которая может быть понята и оценена независимо от предыдущих серий. Мир Акварии кардинально отличается от нашего, где монстры из параллельных миров регулярно нападают, нанося непоправимый вред и похищая людей.
Главный герой, Амата Сора, — обычный юноша с необычными способностями, которые с детства приносили ему только неприятности. В глубине души он считает себя бесполезным неудачником, хотя с самого раннего возраста его влечет к легендарному Аквариону. Однако мир вокруг него уже давно забыл об этой легенде. Амата почти потерял надежду на изменение своей судьбы, но скоро ему представится шанс не только изменить свою жизнь, но и спасти других.
В этом аниме зритель сможет наблюдать за развитием сюжета, где каждый персонаж проходит через свои испытания и преодолевает трудности. Акварион, как символ надежды и силы, становится центром противостояния зловещим силам, стремящимся разрушить мир Акварии. Амата и его друзья должны научиться управлять своими силами и объединиться, чтобы защитить свой мир от надвигающейся угрозы.