В центре сюжета аниме стоит Мэдака Куроками, невероятно сильная и влиятельная ученица академии Хаконива, которая также занимает пост президента студенческого совета. Её уникальный проект — ящик для предложений, позволяющий студентам обращаться за помощью в любое время. Вместе с верными соратниками — Зэнкичи, Коки и Моганой — Мэдака принимается за решение самых разнообразных проблем, начиная от мистических явлений и заканчивая личными переживаниями студентов.
Сюжетная линия усложняется появлением таинственной организации «План Икс», которая начинает вмешиваться в дела академии. Лидер комитета общественной нравственности, Мёри Унзэн, становится одним из ключевых антагонистов, стремясь оспорить превосходство Мэдаки. В то же время, внутренние конфликты и интриги, связанные с председателем Хакама Ширануй, добавляют драматизма и напряжения в сюжет, создавая дополнительные сложности для главной героини и её команды.
Аниме «Мэдака Бокс» не только рассказывает о приключениях и борьбе Мэдаки Куроками, но и исследует глубины человеческой морали и этики. Каждая новая проблема и противостояние заставляют героев переосмысливать свои ценности и цели. Таким образом, история превращается не только в динамичное повествование о силе и власти, но и в философский дискурс о том, каким должен быть настоящий лидер и что значит быть на стороне справедливости.