В центре сюжета аниме "Коккури-сан" находится юная девочка по имени Кохина Итимацу, чья одиночество и необычные привычки привлекают внимание духа низкого ранга, известного как Коккури-сан. Однажды, играя в традиционную японскую игру, Кохина случайно вызывает Коккури-сана, который, на первый взгляд, должен был стать ее злейшим врагом. Однако, вместо этого, он оказывается очарован ее беззаботностью и уникальным взглядом на жизнь.
Коккури-сан, обладающий невероятной красотой и серебристыми волосами, вскоре понимает, что его роль значительно изменилась. Вместо того, чтобы пугать и преследовать Кохину, он начинает беспокоиться о ее благополучии. Особенно его тревожат ее диетические привычки, состоящие исключительно из рамена, которые она употребляет на каждый прием пищи. Таким образом, Коккури-сан становится не только другом, но и опекуном для Кохины, оберегая ее от опасностей и заботясь о ее здоровье.
История "Коккури-сан" пронизана юмором и трогательными моментами, показывая развитие отношений между духом и человеком. Коккури-сан, сначала выполнявший лишь роль призрака, превращается в настоящего защитника и наставника для Кохины. Вместе они сталкиваются с различными приключениями, которые помогают им лучше понять друг друга и мириться с их особенностями. Таким образом, аниме не только развлекает, но и заставляет задуматься о ценности дружбы и взаимопонимания.