В результате вторжения инопланетной расы Гауна, человечество оказалось на грани исчезновения. Выжившие эвакуировались с Земли на огромных космических кораблях, таких как "Сидония", в поисках безопасного убежища. Эти корабли периодически останавливались для пополнения запасов, но главная угроза все еще стояла над ними — непрекращающаяся война с Гауна. В ответ на эту угрозу, ученые создали новые технологии для защиты, а военные быстро освоили их, готовясь к неизбежным сражениям.
Нагатэ Таникадзэ провел большую часть своей жизни в заброшенных уровнях корабля "Сидония", изолированный от общества и окруженный лишь старым тренажером для пилотирования, оставленным Хироки Сайто, который считал себя его дедушкой. Этот уединенный образ жизни дал Нагатэ уникальные навыки, которые вскоре станут ключевыми для выживания всего человечества. После смерти Сайто и угрозы голода, Нагатэ вынужден покинуть свое убежище и столкнуться с внешним миром, полным опасностей и новых возможностей.
Теперь, когда Нагатэ вынужден вступить в борьбу с Гауна, его глубокие знания и искусство пилотирования становятся неоценимым активом для защиты "Сидонии". Его история становится символом надежды и решимости человечества в борьбе с непреодолимыми препятствиями. В этой космической эпопее, каждый выбор и действие Нагатэ могут изменить ход истории, ведя человечество к новому будущему или к неизбежному краху.