События разворачиваются сразу после завершения "Лабиринта Грисайи", где Юджи Казами оказывается втянутым в интригу, связанную с международной террористической организацией, возглавляемой Хитом Осло. Эта группировка преодолела границы Японии, неся с собой разрушительное оружие массового поражения. В результате, Юджи обвиняют в сотрудничестве с этим опасным сообществом, что ставит под угрозу не только его репутацию, но и безопасность всей страны.
В то время как Юджи пытается очистить свое имя и разобраться в сложившейся ситуации, его школа Михама оказывается на грани финансового краха. Ученики и персонал школы получают предупреждение: у них есть всего месяц, чтобы найти решение и предотвратить закрытие. Это ставит перед ними сложный выбор: смириться с неизбежным или встать на защиту своего образовательного учреждения и преодолеть все препятствия, которые встают на их пути.
В центре сюжета — группа студентов, которые решают взять ситуацию в свои руки и противостоять не только внутренним, но и внешним угрозам. Они должны объединить усилия, чтобы найти способы преодоления финансовых трудностей, а также противодействовать влиянию крупных стран и организаций, которые стремятся использовать кризис в своих интересах. Смогут ли они сохранить свою школу и доказать невиновность Юджи, остается вопросом открытым.