В Японии, где период феодализма переплетается с ранним индустриальным взрывом, мир охвачен хаосом. Самураи и сегуны столкнулись с новым врагом — вирусом, превращающим людей в агрессивных нежитью, известных как «кабанэ». Эти существа, защищенные бронированными сердцами, представляют огромную угрозу, и обычное оружие оказывается бессильным перед ними. В ответ на эту угрозу, люди построили сеть укрепленных станций и перемещаются между ними на защищенных поездах, изолируясь от внешнего мира.
Главный герой, Икома, механик из города Араганэ, потерял своих близких из-за кабанэ и теперь стремится к их уничтожению. Его изобретение — новое оружие против кабанэ — готово к испытаниям. Однажды, когда поезд, захваченный кабанэ, срывается с пути и разрушается в Араганэ, Икома видит в этом шанс проверить свое изобретение. Во время битвы он оказывается укушенным, и вирус начинает превращать его. Однако, используя свою изобретательность, Икома останавливает процесс превращения, становясь кабанери — существом, сочетающим человеческие интеллект и силу кабанэ.
Теперь обладая невероятной силой и способностями, Икома решает отправиться в путешествие к самому укрепленному городу — Конгокаку, на поезде «Железная крепость». Вместе с другими выжившими, он надеется найти способ окончательно победить кабанэ и обеспечить безопасность для всех людей. Это путешествие становится не только борьбой за выживание, но и поиском смысла и цели в разрушенном мире, где человечество стоит на грани вымирания.