Действие аниме происходит в 0097 году Вселенского Века, ровно через год после драматических событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог». Мир, казалось бы, находится на грани перемен: открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов должны были стать отправной точкой для новой эры. Однако, внешне ничего значительно не изменилось. Конфликт, известный как «Инцидент Лапласа», завершился распадом группировки «The Sleeves», остатков Нео-Зиона. В последней битве два легендарных мобильных доспеха, Белый Единорог и Чёрный Лев, продемонстрировали невероятную мощь, но затем были запечатаны и, кажется, навсегда забыты.
Однако, мир неожиданно снова оказывается на пороге нового конфликта. Два года спустя после предполагаемой утраты, появляется третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс». Его появление вновь пробуждает интерес к тайнам и силам, связанным с этими легендарными машинами. «Фенекс», обладающий уникальными возможностями и неизвестным прошлым, становится центром внимания новых и старых героев, каждый из которых преследует свои цели и идеалы.
В этом новом повороте сюжета, герои предыдущих серий встречаются с новыми лицами, каждое из которых несет свою долю ответственности и свои тайны. Мир, который казался уже устоявшимся и предсказуемым, снова начинает трепетать от неопределенности и напряжения. «Фенекс», как символ новой эры, становится ключом к разгадке будущего человечества и к пониманию истинных целей тех, кто управляет судьбами планеты. Таким образом, аниме предлагает зрителю не только захватывающие битвы и технические новинки, но и глубокие размышления о сути человеческой борьбы и стремлении к справедливости.