Однажды в глубокой ночи, в оживленных улицах Нью-Йорка, Рю Хаябуса становится объектом преследования наемных убийц. Победив их, он узнает, что они работают на корпорацию «Friedman Company», во главе которой стоит доктор Нед Фридман, недавно вызвавший сенсацию своим заявлением о создании лекарства от рака. Решив выяснить мотивы этого преследования, Рю отправляется к дому доктора Фридмана, где встречает свою давнюю знакомую, журналистку Сару, которая также проводит расследование вокруг деятельности Фридмана.
Вместе с Сарой Рю обнаруживает шокирующие подробности о методах, которыми доктор Фридман достиг своего научного прорыва. Эти методы тесно связаны с темным прошлым Рю, что делает ситуацию еще более личной и опасной. В этот момент неожиданно похищают возлюбленную Рю, Айрин Лью, что ставит его перед необходимостью вновь вступить в роль Ниндзя-Дракона, чтобы спасти ее и разобраться с новой угрозой, нависшей над миром.
Рю и Сара проникают в секретные лаборатории Фридмана, где сталкиваются с ужасающими экспериментами и безжалостными солдатами корпорации. В ходе своего расследования они понимают, что лекарство от рака, за которым охотятся многие, основано на нечеловеческих экспериментах, что ставит под угрозу не только их жизни, но и будущее всего человечества. Рю должен использовать все свои навыки и знания, чтобы противостоять этой новой угрозе и спасти Айрин, прежде чем все будет потеряно.