Действие аниме переносит нас в атмосферу Европы XIX века, где наука достигла небывалых высот, трансформировав индустрию и общество. Главный герой, молодой студент Джон Уотсон, становится частью тайной разведывательной сети, стремясь раскрыть тайны этого технологически продвинутого мира. Его миссия включает не только роль военного медика в Афганистане, но и глубокое исследование феномена гомункулов — искусственных существ, созданных для выполнения самых разнообразных задач, от военных действий до обычных рабочих обязанностей.
В этом мире, где наука и технологии доминируют над всеми аспектами жизни, гомункулы становятся неотъемлемой частью повседневности. Они обладают телом, созданным из мертвой материи, и искусственной душой, что делает их идеальными исполнителями для самых опасных и тяжелых заданий. Джон Уотсон, оказавшись в центре этих событий, начинает понимать, что за этим технологическим прорывом стоит гораздо больше, чем просто стремление к прогрессу. Его исследования приводят его к открытию, что гомункулы могут быть ключом к разгадке тайн, которые угрожают не только его жизни, но и всему человечеству.
Амбициозная миссия Джона Уотсона в Афганистане становится лишь началом его пути в этом загадочном и опасном мире. По мере того как он углубляется в изучение гомункулов и их роли в обществе, Уотсон сталкивается с политическими интригами, научными тайнами и моральными дилеммами. Его поиски истины переплетаются с борьбой за выживание в условиях, где каждый шаг может оказаться последним. В конечном итоге, Джон Уотсон должен решить, насколько далеко он готов зайти, чтобы раскрыть правду о мире, который он так стремился понять.