В далеком 2035 году, в Японии, мир ошеломлен масштабным инцидентом, вызванным экспериментами над искусственными организмами. В результате прорыва из исследовательского центра один из таких организмов, названный Материей, распространился по ущелью Куробэ, вынудив правительство закрыть доступ к городу, который когда-то был символом надежды для всего человечества.
Прошло два года с момента катастрофы. Пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая всю семью во время Взрыва, узнает от нового ученика, Юи Кандзаки, шокирующую правду о том, что произошло и о секрете, который скрыт в ее собственном теле. Чтобы раскрыть все тайны, Айко и Юи решают отправиться в Первичную Точку — место, где начался Взрыв, вместе с командой опытных дайверов, экипированных специальными органическими костюмами для выполнения задач в опасной, зараженной Материей зоне.
Путешествие в запретную зону становится для Айко и Юи не только поиском правды, но и борьбой за выживание в условиях, где каждый шаг может быть последним. В глубинах заброшенного города они надеются найти ответы, которые помогут не только им самим, но и всему человечеству понять и, возможно, противостоять угрозе, представленной Материей. Это путешествие становится испытанием не только физических, но и душевных сил, ведь каждый новый факт может перевернуть их представления о прошлом и будущем.